صدر قرار مجلس التعليم العالي رقم (13/35/1426) المتخذ في جلسته الخامسة والثلاثون المعقودة في 18/1/1426هـ القاضي بالموافقة على إعادة الهيكلة الأكاديمية لجامعة طيبة، حيث تضمن القرار إنشاء تسعة عشر قسماً موزعة كالتالي:
أ- الأقسام الأساسية:
1- قسم الكيمياء الحيوية السريرية
2- قسم الكائنات الدقيقة
3- قسم التعليم الطبي
4- قسم علم الأمراض
5- قسم الطـفيليات
6- قسم التشريح
7- قسم علم وظائــف الأعضـــــــاء
8- قسم علم الأدوية
ب- الأقسام السريرية:
9- قسم الأنف والأذن والحنجرة
10- قسم المسالك البولية
11- قسم النساء والولادة
12- قسم أمراض الأطفال
13- قسم أمراض العظام
14- قسم طب الأسرة
15- قسم الجراحة
16- قسم الباطنة
17- قسم الأشعة
18- قسم التخدير
19- قسم العيون
وشكراً